Η ύλη του μαθήματος αφορά βασικές αρχές τεχνικών αποκατάστασης διάφορων σημαντικών υδάτινων οικοσυστημάτων και θα έχει την παρακάτω δομή:
  1. Γιατί αποκατάσταση οικοσυστημάτων;
  2. Τι είναι η οικολογική μηχανική;
  3. Βασικές λειτουργίες οικοσυστημάτων
  4. Ευτροφισμός
  5. Οι λίμνες ως χαρακτηριστικά παραδείγματα
  6. Εκτίμηση των προβλημάτων
  7. Τεχνικές αραίωσης
  8. Τεχνητός αερισμός
  9. Αδρανοποίηση ρύπων
  10. Αφαίρεση ιζήματος
  11. Τεχνητή ανάμιξη
  12. Μελέτες περίπτωσης